- Създаване на оригинални методи за откриване на структурни варианти, премахване на шум и различаване на структурни варианти от грешки при изследването на метагеномни данни, както и при изследване на полиплоидни геноми.
- Разработване и приложение на оригинални подходи за статистическа симулация на грешки за валидация на методите за различаване на структурни варианти.
- Разработка на методи за търсене на гени, свързани с определени фенотипни характеристики след присъединяване на данни от еволюционен анализ, профили на генната експресия и други източници.
- Усъвършенстване на съществуващи методи за предсказване на функциите на гени след присъединяване на данни от генно картиране, генетични онтологии и други източници. Автоматизирано функционално и структурно анотиране на различни биологични видове и изграждане на съответна база от знания.
- Валидиране на данните, генерирани при различни секвенционни изследвания. Подобряване на качеството на резултатите от анализа на секвенционни данни.
- Извличане на нови знания за изследваните биологични видове, свързани с тяхната генетична изменчивост.