Задачи

Научният колектив си поставя следните основни задачи, изпълнението на които ще доведе до постигане на целите на проекта:

  1. Анализ на големи масиви от секвенционни данни
    • Разработване на иновативни подходи за откриване на грешки и структурни варианти в големи масиви от секвенционни данни.
    • Откриване на единични мутации при де ново секвенирани полиплоидни геноми, които трудно се поддават на класическите подходи за изследване.
    • Прилагане на усъвършенствани методи за отстраняване на грешките при търсенето на структурни варианти в големи масиви от секвенционни данни.
    • Автоматизирано анотиране и разширение на анотирани бази от данни за де ново секвенирани и слабо изследвани биологични видове (като изследването и анотацията на генома на пшеницата).
  2. Извличане на закономерности от големи масиви от секвенционни данни
    • Сравнителен анализ на анотации на слабо изследвани видове (като пшеница) с вече изградени бази от знания (например за ечемика) с цел извличане на знания, които обхващат функционални и структурни разлики между видовете, засягащи уязвимостта от външни фактори.
    • Приложение и усъвършенстване на методи за йерархично клъстериране при търсене на гени, свързани с подобреното усвояване на въглероден диоксид при някои видове растения. 
    • Статистически анализ на генната експресия след извършено картиране и анотация. Изграждане и използване на регулаторни мрежи при изследване на генома на пшеницата.
    • Изграждане на методи за справяне с грешките в масиви от секвенционни данни с голяма естествена вариация.
    • Автоматизирано функционално анотиране на гени с използване на генетични онтологии на базата на евристични методи.

На следващата фигура е представена последователността на операциите в контекста на научните задачи, поставени за изпълнение в рамките на проекта.


© Valeriya Simeonova 2015